バカボン一家は、長男のバカボンと、自由人のパパにママ、そして弟のハジメちゃんの4人家族。東京の片隅で、毎日楽しく暮らしている。

ところが、そんな一家の元に、不審な男達が次々と現れるようになる。その正体は、暗黒組織・インテリペリ。彼らはなぜか“バカボンのパパの本名”を知りたがっており、

あらゆる方法でパパに近づくが、パパに翻弄されるばかりで一向に本名を聞き出せない。
そこでインテリペリの総帥・ダンテは、息子のバカボンからパパの本名を聞き出そうと目論む。「子供と仲良くなるには、子供が一番だ。・・・特別な子供がな。」

そうして召喚されたのは、地獄へと堕ちた「フランダースの犬」の主人公、ネロとパトラッシュの魂だった！
狙われたバカボンの運命は？
そして、バカボンのパパの本名に隠された秘密とは？
天才バカボンと暗黒組織とフランダースの犬による、未曾有の戦いが始まる・・・。